不少人根据非细菌性前列腺炎的名字认为，支原体衣原体这些病菌应该是细菌性前列腺炎的病因，而不是非细菌性前列腺炎的发病原因。实际上，这是没有明白细菌性前列腺炎和非细菌性前列腺炎的定义。即使是非细菌性前列腺炎，在前列腺液细菌培养结果中也会有病菌。
关于非细菌性前列腺炎的病因目前研究较多，但尚无定论。根据对非细菌性前列腺炎病因的探究，目前认为支原体衣原体和非细菌性前列腺炎发病有相关联系。
1、沙眼衣原体
沙眼衣原体是革兰氏阴性菌，具有独特的发育周期， 用普通细菌的培养基难以生长。因此对患者的前列腺液和精液及尿液培养很难找到该菌。对30例慢性非细菌性前列腺炎患者作经直肠穿刺前列腺组织衣原体培养，10 例（33%）从前列腺组织细胞中培养出衣原体。根据这个事实，考虑衣原体可能是慢性非细菌性前列腺炎的致病原，但仍然需要进一步的研究证实。
但是，也有学者否认衣原体是慢性非细菌性前列腺炎的病原。持不同观点的学者研究了50例慢性非细菌性前列腺炎患者，用免疫荧光技术在尿液中检测到衣原体1例（2%），在前列腺组织中无衣原体检出，而且对前列腺组织的培养亦未见衣原体生长，因此认为不能将衣原体作为慢性非细菌性前列腺炎的直接病原。
随着分子生物学的发展，有人开始应用分子生物学技术研究衣原体在慢性非细菌性前列腺炎发病中的作用。用原位杂交技术发现23例慢性非细菌性前列腺炎患者中的7例（30.4%）可在前列腺组织中找到衣原体DNA，并认为衣原体系该病病原。对衣原体抗原阳性的慢性非细菌性前列腺炎患者进行抗衣原体治疗，10天后临床治疗率达80%。
根据这些研究结论，我们可以认为衣原体在慢性非细菌性前列腺炎中起了一定的作用， 但可能不是其致病的因素。
2、解脲支原体
解脲支原体又称T-支原体，首先是从非淋菌性尿道炎患者中的尿道分泌物中分离获得。它是人类尿生殖道较常见的寄生菌之一，在特定的环境下可以成为致病菌。与衣原体一样，其在慢性非细菌性前列腺炎中的作用存有争议。
通过对785例慢性非细菌性前列腺炎的患者液体培养基进行解脲支原体的培养，发现在第一阶段574例患者中有436例培养阳性（76.0%），第二阶段在211例患者中有96人培养阳性（45.5%），而在研究对照组均为阴性。在另一项研究中，慢性非细菌性前列腺炎患者前列腺液中的衣原体和解脲支原体的阳性率分别为 28.4% 和33.0%。
根据这些研究，推断解脲支原体可能是慢性非细菌性前列腺炎的病因之一。
前列腺囊肿